2012年5月，经北京市科学技术委员会批准“北京市蛋白功能肽工程技术研究中心”正式挂牌成立。北京市蛋白功能肽工程技术研究中心是以中国食品发酵工业研究院有限公司为依托单位，北京同仁堂健康药业股份有限公司和北京中食海氏生物技术有限公司为共建单位共同组建，国内首个从事蛋白功能肽研发的科技创新平台，平台下设生产制造中心、基础研究中心、营养支持与评价中心。从基础研究、工艺与工程化研究、产品研发、功能性研究、功能性成分分离鉴定和营养支持与评价等方面全方位为客户提供系统化服务。中心涉及领域涵盖天然蛋白资源综合利用、食源性功能肽研制、体外功能评价、功效成分结构鉴定、肽类终端产品开发、工业化生产技术研究、产品技术标准建立，旨在构建面向农产品加工、食品工业及传统医药等行业的天然蛋白资源的深度加工、高值利用技术研发平台，实现低值农林资源的高值化利用，促进我国传统医药、营养保健食品的升级换代。
北京市蛋白功能肽工程技术研究中心旨在构建面向农产品加工、食品工业及传统医药等行业的天然蛋白资源的深度加工、高值利用技术研发平台，涉及领域涵盖天然蛋白资源综合利用、食源性功能肽研制、体外功能评价、功效成分结构鉴定、肽类终端产品开发、工业化生产技术研究、产品技术标准建立，致力于实现低值农林资源的高值化利用，促进我国传统医药、营养保健食品的升级换代。中心主持制定了国内首部食源性功能肽原料国家标准和行业标准。工程中心与美国哈佛大学、梅奥医学研究所、日本理化学研究所、东京大学、京都大学、大阪大学、北京大学等国内外顶尖科研机构单位构建了基础研究合作平台，同时与美国安利、日本卫材、荷兰帝斯曼、德国默克等多家国际大型企业结成战略合作伙伴关系，部分肽产品已出口美国、日本等国家。代表性产品主要有：海洋鱼皮胶原低聚肽、海洋鱼骨胶原低聚肽、玉米低聚肽、小麦低聚肽、大豆肽、酪蛋白肽及相关食源性低聚肽鳌合矿物元素等产品。2016年，北京市蛋白功能肽工程技术研究中心经北京市科委绩效考核被评为“优秀”，在公共安全领域排名第1，总排名为9/127。
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